Da Re dies durch seinen sonst genau formulierten Fluch übersah, brachte Nut fünf Kinder zu Welt: Osiris, Heru-Ur (Haroeris), Seth (Typhon), Isis und Nephthys. Am ersten dieser fünf Tage wurde Osiris geboren. Am zweiten Tag wurde Heru-Ur geboren und am dritten Tag gebar Nut unter großen Schmerzen zur falschen Zeit und am falschen Ort – Seth. Am vierten Tag wurde Isis geboren und am fünften Tag Nephthys. Ra befahl Shu, sich zwischen die beiden zu stellen, damit sie nie wieder zueinander finden und weitere Kinder zeugen könnten. Aus alten Quellen wird überliefert, das Osiris und Heru-Ur von Re stammen, Isis von Thoth und Seth und Nephthys von Geb. Auch wird behauptet, dass sich Osiris schon im Mutterleib in seine Schwester Isis verliebt haben soll. Und auf diese Weise Haroeris gezeugt worden sei. Obwohl Isis und Osiris Kinder von Nut und Geb waren, heirateten sie. Diese Praxis der Geschwisterehe war auch später bei den menschlichen Vertretern auf Erden weit verbreitet. In der Welt der ägyptischen Götter war die Geschwisterliebe ein Gebot, denn nur so konnten die "Heiligen Säfte" erhalten werden.
Der Bruderhass und Mord an Osiris
Seth hasste seinen Bruder Osiris, denn Osiris war gütig und wollte nur großes Wohl für die Menschen auf Erden. Er brachte ihnen Handwerkskünste bei und lehrte sie, die Felder zu bestellen und Ackerbau zu betreiben. Er gab ihnen Gesetze und lehrte sie, die Götter zu verehren. Er lehrte sie auch Gesang und Musik und allerlei Künste. Seth war voll Neid auf Osiris, da er mit Isis vermählt war. Osiris war schön, klug und zärtlich. Sein Bruder war das Gegenteil, er war faul, böse und brutal. Isis war eine große Erfinderin, was ihr den Beinamen "klüger als eine Million Götter" einbrachte. Und da unter Isis und Osiris Herrschaft viele fremde Herrscher nach Ägypten kamen und sich freiwillig unter die Obhut Ägyptens stellten, steigerte dies nur seinen Neid. Diese Zeit war eine Art Goldenes Zeitalter, denn die Ernten konnten dank der sanften Winde gedeihen und es herrschte Ordnung auf Erden und Gerechtigkeit. Seth, der mit der wenig attraktiven Nephtys vermählt war und die Herrschaft an sich reißen wollte, schmiedete mit der nubischen Königin Aso und 72 menschlichen Regenten einen Plan, um sich Osiris zu entledigen.
Gemäß dem griech. Schriftsteller Plutarch (100 n. Chr.) und altägyptischen Quellen:
Seth lud Osiris zu einem großen Fest ein. Isis warnte Osiris vor einem möglichen Verrat, aber Osiris konnte sich nicht vorstellen, dass sein eigener Bruder sich gegen ihn stellen würde und nahm die Einladung an.
Während des Festmahls bot Seth seinen Gästen eine Lade als Geschenk an, mit der Voraussetzung, das derjenige genau hineinpassen müsse. Seth besorgte sich vorher heimlich die Körpermaße von Osiris und alle Gäste probierten es aus, doch nur Osiris passte hinein. Als sich Osiris in die Truhe hineinlegte, schlug Seth den Deckel zu, verriegelte ihn und umgab sie mit einer Bleischicht, damit sein Bruder nicht entkommen konnte. Dann versenkte er die Kiste im Nil und schickte sie durch die tanitische Mündung ins Meer. Dies soll geschehen sein im 28. Jahr von Osiris Regentschaft.
Als Isis davon erfuhr, schnitt sie sich eine Haarlocke ab und legte ihre Trauerkleidung an. Voller Trauer irrte sie umher und Kinder berichteten Isis von der Tat des Seth und das er die Truhe im Nil versank. Aus Dankbarkeit verlieh Isis allen Kindern der Welt daraufhin die Gabe, solche Wahrheiten auszusprechen, die ihre Eltern vergessen hatten ("Kindermund tut Wahrheit kund"). Isis machte sich auf den Weg und versuchte die Truhe im Nil zu finden. Während sie nach der Truhe forschte, erfuhr Isis, daß ihr Gemahl Osiris, im Glauben, es handle sich um Isis, mit ihrer Schwester ein Kind zeugte. Als Beweis fand sie bei Nephthys den Honigkleekranz, den er zurück ließ. Isis suchte das Kind, das ihre Schwester gleich nach der Geburt aus Furcht vor Seth ausgesetzt hatte. Von Hunden geführt, fand sie es nach langem Suchen, zog es auf und behielt es bei sich; es erhielt den Namen Anubis und mußte für die Götter Wache halten, ebenso wie Hunde Menschen bewachen. Ihr Weg führte sie weiter bis zur phönizischen Stadt Byblos. Dort wurde die Truhe an Land gespült und ein großer Baum wuchs an jener Stelle. Die Truhe war in dem mächtigen Baumstamm eingeschlossen worden und gerade diesen Stamm hatte Melkart, der Gottkönig von Byblos, fällen lassen, um ihn als Pfeiler in seinem Palast aufzustellen.
Die Wiedererweckung und die Rache des Horus
Isis gelang es, die Truhe aus dem Stamm zu befreien und brachte den Leichnam ihres Gatten zurück nach Ägypten. Seth blieb dies nicht verborgen und er zerstückelte Osiris Körper in 14 Teile und verteilte den Leichnam über das ganze Land. Einer Wiederbelebung durch Isis wollte er somit entgegenwirken. Einer der wichtigsten Abschnitte des Mythos ist die Wiederbelebung des Osiris durch Isis während der sogenannten Totenhochzeit. Isis fuhr in einem Papyrusboot durch die Sümpfe und fand die einzelnen Stücke. Bis auf seinen Penis. Der Phallos stand für Fruchtbarkeit und Lebenskraft, daher schafft Isis einen neuen und erweckt diesen während der Totenhochzeit zum Leben. Osiris ist somit wieder fruchtbar und zeugungsfähig und zum Leben erweckt. Isis setzte Osiris Körper wieder zusammen. Dazu umwickelte sie ihn mit Leinenbandagen. Der Gott Anubis hilft ihr dabei und nähte seine Körperteile wieder zusammen und balsamierte ihn. Osiris wurde dann von Isis und Nephthys wiederbelebt. Und sie zeugten einen Sohn, Horus. Die Zauberkräfte der Isis bewahrten den Leichnam des Osiris vor der Verwesung und Osiris erhob sich und regierte fortan als Gott der Unterwelt. In einer anderen Version heißt es, Seth zerstückelte ihn in 13 Teilen, die er im ganzen Land verstreute. Das vierzehnte Teil, seinen Penis, warf er ins Meer, wo ihn ein Fisch sogleich verspeiste.
Isis machte sich auf den Weg und sammelte alle Körperteile wieder ein, bis auf seinen Penis. Der Versuch, den fehlenden Phallus durch eine Holzkopie zu ersetzen, schlug fehl. So wurde Osiris nicht wiedererweckt, denn der Körper des Gottes war nicht vollständig. Osiris avancierte zum Herrscher über das Totenreich. Da Osiris als erster Gott stirbt, gilt er als König der Unterwelt und wird mit allen Bereichen des Todes in Verbindung gebracht. Gleichzeitig gilt er als Herr der Erde von dem alle Fruchtbarkeit ausgeht. Da Isis hochschwanger war und nicht in der Lage war gegen Seth zu kämpfen, konnte Seth seine Herrschaft über Ägypten weiter ausbauen und herrschte uneingeschränkt über die ganze Welt . Im Verborgenen brachte Isis ihren Sohn Horus zur Welt. Da sie wusste, dass Seth alles versuchen würde, um Horus wie seinen Vater zu töten, legte sie das Baby in einen Korb und ließ ihn auf den Nil hinaus treiben. So wuchs Horus bei Menschen auf, 
die ihn am Nilufer fanden und Horus hielt sich selber für einen Menschen.
Horus wurde zu einem ungewöhnlich starken und schönen Mann. Horus wuchs in Buto auf und erfuhr von seiner göttlichen Herkunft und wer seine Eltern waren. So sann er auf Rache gegen Seth und begann einen grausamen Feldzug gegen ihn. Osiris kam aus der Unterwelt herauf zu Horus und rüstete ihn für den Kampf aus, der ihm bevorstand. Zu Beginn von Horus Krieg hatte dieser noch Verbündete: seine Mutter Isis, deren Schwester Nephthys, sowie die Götter Anubis und Thoth. Die gnadenlose Entschlossenheit von Horus führte aber dazu, dass sich selbst seine Mutter Isis von ihm abwandte. Als Isis Kriegsgefangene ihres Sohnes befreite, reagierte dieser so bösartig, dass er ihr den Kopf abschlug und nur durch die Heilkünste des Thoth verhindert wurde, dass Isis an dieser Verletzung starb. Der Krieg der Götter tobte im Land der Menschen. Endlich aber siegte Horus. Seth wurde gefesselt und der Isis ausgeliefert. Isis duldete keinerlei Bluttaten und wollte eine Verurteilung des Seth durch ein göttliches Gericht.. Seth schlug vor, den Streit außerhalb des Gerichtssaales bei einer Kraftprobe zu entscheiden, was aber von Thot abgelehnt wurde. Für etwa 80 Jahre geschah nichts.
Das Horus-Auge und die Reichsteilung
Zum Ende des langen Kampfes gewann Horus und zerteilte Seth ebenso und verteilte ihn über das ganze Land. Im Verlauf des Kampfes zwischen Seth und Horus wurde Horus ein Auge ausgestochen, das jedoch von seiner Mutter Isis geheilt wurde. Oft ist jedoch auch Thot als Retter angegeben, da es sich bei dem verletzten Auge um das linke und damit das Mondauge handelte. Somit wurde es zu einem Symbol für Heilung und Schutz vor Gefahr. Das Udjat-Auge wurde seit dem Alten Reich als Amulett verwendet.
In einer anderen Version heisst es: Eines Tages entdeckte Seth den schlafenden Horus in einer Oase, riss ihm die Augen aus und begrub sie in den Bergen, wo sie sich in Lotosblüten verwandelten. Seth hielt ihn für tot und verschwieg Re bei seiner Rückkehr Horus gefunden zu haben. Währenddessen fand die Göttin Hathor den weinenden Horus in den Bergen. Sie benetzte seine Augen mit Gazellenmilch und gab ihm durch Zauberkraft sein Augenlicht wieder.
Da sich die Götter nicht darauf einigen konnten, ob Seth oder Horus nun Pharao werden sollte, baten sie die Göttin der Weisheit Neith um eine Entscheidung und sie ernannte Horus - allerdings akzeptierte Seth die Wahl nicht und begann den Kampf erneut. Schließlich wurde Osiris, der mittlerweile die Welt der Toten regierte, um Rat gefragt und er verdammte wütend die Götter, weil sie so lange dem verheerenden Krieg zugesehen hatten, ohne einzugreifen - er verlangte von ihnen, dass sie Neiths Entscheidung akzpetieren sollten. Damit wurde die Welt geteilt. So wurde Horus Regent des Schwarzen Landes - Ägypten -, während Seth das Rote Land - die umgebende Wüste - als sein Reich erhielt. Erst Pharao Menes konnte die Reiche vereinen, weshalb er als erster die Doppelkrone beider Länder auf seinem Haupte trug.
